Весной проводят обрезку нектарина с целью формирования кроны (в виде чаши) и удаления подмерзших, пораженных болезнями, ветвей. В первые пять лет после посадки дерева обрезку весной проводят ежегодно. При первой обрезке выбирают 2-3 сильные скелетные ветки и укорачивают их до 10 см на наружные почки. Все остальные ветви вырезаются. На следующий год оставляют еще 2-3 скелетные прочные ветви, растущие под широким углом к стволу. При формировании кроны основной ствол должен быть выше скелетных ветвей на 25 см. После завершения формирования дерева его срезают до уровня остальных ветвей.
Плоды нектарина завязываются только на молодых коротких ветках, поэтому следует тщательно следить за обрезкой кроны.